Orzeł" wszedł do służby w Marynarce Wojennej 1 lutego 1939 roku
Działania wojenne zaczął 2 września 1939 roku, kiedy opuścił Gdynię uczestnicząc w operacji "Worek". Dowodził nim wówczas kmdr ppor. Henryk Kłoczkowski. 4 i 5 września był atakowany przez samoloty niemieckie. Po 10 dniach "Orzeł" wpłynął do Tallina, aby umożliwić leczenie dowódcy. Władze estońskie najpierw przedłużyły pobyt "Orła" w porcie, by pod naciskiem Niemców - internować go. W nocy z 17 na 18 dowodzony już przez kpt. mar. Jana Grudzińskiego zastępcę kmdr. Kłoczkowskiego, częściowo rozbrojony zdołał uciec z portu. 14 października, po przedarciu się bez map przez Cieśniny Duńskie okręt dotarł do bazy Rosyth w Szkocji. Podczas piątego patrolu "Orzeł" zatopił (8 kwietnia 1940 roku) niemiecki statek "Rio de Janeiro". W ostatni, siódmy partol wypłynął 23 maja 1940 roku.